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南京市中醫院（南京中醫藥大學(xué)附屬南京中醫院、南京市中醫藥研究所）成(chéng)立于1956年，現有2個院區：大明路院區、夫子廟院區；3個分院（緊密型醫聯體）：浦口分院（南京市浦口區中醫院）、高淳分院（南京市高淳中醫院）、濱海分院（鹽城市濱海縣中醫院）。現占地面(miàn)積92畝，建築面(miàn)積31.1萬㎡，編制床位1500張，現在職職工1915人，其中衛技人員1718人，高級職稱517人，碩博士476人。
南京市中醫院是新中國(guó)成(chéng)立最早的中醫醫院之一，醫院科室設置完善，發(fā)展到現在已是一所中醫特色明顯，集醫療、教學(xué)、科研、預防保健、康複和急救功能(néng)爲一體的、具有中國(guó)傳統文化特色的花園式、現代化大型三級甲等中醫醫院。是全國(guó)肛腸醫療中心、國(guó)家級區域診療中心，現有國(guó)家級重點學(xué)科1個（中醫肛腸病學(xué)），國(guó)家級重點專科7個；江蘇省重點學(xué)科1個（中醫腦病學(xué)），江蘇省重點專科8個；南京市重點專科16個。醫院有全國(guó)中醫師承指導老師5人，省、市級名中醫、名中西醫結合專家70人；設有國(guó)家級名中醫工作室5個、省級名中醫工作室6個、市級名中醫工作室27個、國(guó)家及省級名中醫工作室基層工作站4個、市級名中醫工作室基層工作站24個。設立院士工作站、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士後(hòu)創新實踐基地、南京市中醫藥現代化與大數據研究中心、南京市中醫藥轉化醫學(xué)基地、南京市普外科臨床醫學(xué)中心、南京市醫學(xué)重點實驗室、南京市臨床生物資源樣(yàng)本庫等。
醫院擁有院内自制制劑122種(zhǒng)。擁有國(guó)家級非物質文化遺産代表性項目：丁氏痔科醫術；江蘇省非物質文化遺産項目：“洪氏眼科”“金陵中醫推拿術”；與多名國(guó)醫大師、國(guó)醫名師達成(chéng)合作協議；融入“一帶一路”戰略部署，與美國(guó)、比利時等多所大學(xué)開(kāi)展院校間科研、教學(xué)、人才培養全面(miàn)合作；與白俄羅斯莫吉廖夫市中心醫院合作設立“中國(guó)—白俄羅斯（莫吉廖夫市）傳統醫學(xué)中心”，提供中醫診療服務，傳播中醫文化；在全國(guó)率先創立多專業一體化診療平台，并作爲典範向(xiàng)全國(guó)推廣建設經(jīng)驗。
2021年，醫院榮登中華中醫藥學(xué)會“2021年度中醫醫院學(xué)科（專科）學(xué)術影響力”中醫肛腸病學(xué)全國(guó)排行榜第二名；肛腸科、腦病科被(bèi)評爲“2021屆中國(guó)中醫醫院最佳臨床型專科”。獲批1個省級臨床醫學(xué)中心—“江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學(xué)創新中心”，獲批2個市級臨床研究中心—南京市中西醫結合疫病研究中心、南京市中西醫結合心血管病研究中心。
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